Karinių jūrų pajėgų Mokymo centras, susidedantis iš trijų skyrių, organizuoja ir vykdo specialybės mokymus bei kursus kariams, valstybės tarnautojams, darbuotojams, dirbantiems pagal darbo sutartis, bei kitų valstybių kariams pagal atskirus įsakymus. Vykdo Jaunesniųjų karininkų vadų mokymus. Remia KJP ir sąjungininkų karinių vienetų karinį rengimą, pratybas, mokymus bei kitus bendradarbiavimo renginius.
Planavimo ir Valdymo skyrius planuoja, organizuoja ir vykdo KJP MC veiklos administravimą. Skyrius organizuoja ir koordinuoja KJP karių ir darbuotojų rengimą bei profesinį tobulinimą Lietuvos ir užsienio mokymo įstaigose, taip pat kvalifikacijos kėlimo rengimą ne LK mokymo įstaigose.
Specialistų Rengimo skyrius organizuoja ir vykdo jūrininkų karjeros ir specialybių kursus ir mokymus pagal patvirtintas KJP mokymų programas. Skyrius rengia ir tobulina pagrindines KJP karinių specialybių mokymo programas, veda specialistų kursus ir mokymus KJP, kitų kariuomenės pajėgų personalui bei kitoms institucijoms pagal poreikį. tokius kaip, laivo ryšininkus, laivo artileristus, akustikos specialistus, laivo motoristo, narų, bei organizuoją avarinio išnėrimo iš vandenyje nuskendusios technikos kursus Karinių oro pajėgų orlaivių įgulų nariams. Tai pat vykdo laivo korpuso pramušos, gaisro laive pavojų likvidavimo treniruotes laivų įguloms. Skyrius atsakingas už KJP MC individualaus karinio rengimo organizavimą ir įgyvendinimą.
Vadų Kursų skyrius - vykdo Jaunesniųjų karininkų vadų mokymo programos rengimą ir tobulinimą, organizuoja kandidatų į šią programą paiešką ir pritraukimą, taip pat koordinuoja JKVM klausytojų praktiką karo laivuose. Skyrius vertina klausytojų žinias bei įgūdžius ir veda paskaitas pagal patvirtintą mokymo programą. Be to, rengia ir atnaujina JKVM programą, tobulina mokymo metodiką bei organizavimą.
KJP Mokymo centrui vadovauja kmdr. Andrius Širvys.
