Logistikos tarnybą sudaro Įsigijimų, Infrastruktūros plėtros ir materialinio aprūpinimo, Ginkluotės, Maitinimo, Aprangos ir ekipuotės, Transportavimo, Autotransporto ir Remonto skyriai. Logistikos tarnyboje tarnauja kariai ir dirba darbuotuojai pagal darbo sutartį.
Vienas svarbiausių ir ypač išsiskiriančių savo jūrine specifika padalinių ne tik KJP, bet ir visoje Lietuvos kariuomenėje yra Remonto skyrius. Jį sudaro Laivų įrangos remonto, Laivų korpusų priežiūros ir Specialiosios įrangos remonto komandos. Skyrius rūpinasi KJP laivų ir katerių įrangos, mechanizmų, ginkluotės, jos sistemų, radijo ir navigacijos įrangos remontu, priežiūra, sandėliuoja laivų atsargines dalis.
Šiuo metu tarnybai vadovauja kmdr. Sergejus Dregvalas.