Mokymo centras yra sudarytas iš Specialistų rengimo, Narų rengimo, Kovos už laivo gyvybingumą ir Vadų kursų rengimo skyrių, kuris organizuoja ir vykdo Jaunesniųjų karininkų vadų mokymus.
Specialistų rengimo skyriaus instruktoriai organizuoja jūrininkų karjeros ir KJP reikalingų specialistų kursus. Karjeros kursai yra skirti visiems KJP tarnaujantiems jūreiviams ir puskarininkiams – tai bazinis jūreivio kursas ir laivo seržanto kursas. Specialistų rengimo skyrius taip pat rengia įvairius karo laivui reikalingus specialistus: laivo ryšininkus, laivo artileristus, akustikos specialistus ir kt.
Narų rengimo skyriaus specialistai vykdo atranką į Povandeninių veiksmų komandą, rengia karinių laivų narų kursus ir periodiškai tikrina jų kvalifikaciją. Taip pat organizuoja avarinio išnėrimo iš vandenyje nuskendusios technikos kursus Karinių oro pajėgų orlaivių įgulų nariams.
Kovos už laivo gyvybingumą skyriaus specialistai laivų įgulas rengia galimų laivo korpuso vandens pramušų, laivo skendimo ir gaisro laive pavojams likviduoti. Mokymams yra naudojamas specialiai sukonstruotas kovos už laivo gyvybingumą treniruoklis.
KJP Mokymo centrui vadovauja kmdr. Marius Šakinis.