Įsteigimas ir plėtojimas
Karinių jūrų pajėgų Povandeninių veiksmų komandos ištakos siejasi su pirmaisiais Lietuvos kariuomenės atkūrimo žingsniais. Komandos pradininkai buvo 1992 m. sausio 2 d. Savanoriškosios krašto apsaugos tarnybos (SKAT) štabo viršininko potvarkiu įkurtos SKAT narų plaukikų klubo „SKAT Nautilus“ kariai. Klubo įkūrimo data žymi šių dienų karinių narų veiklos pradžią. „SKAT Nautilus“ klube susikūrė kovinių plaukikų personalo branduolys, buvo pradėtos kurti nardymo procedūros bei taisyklės, kovos narų taktika.
1993 m. Lauko kariuomenės brigados „Geležinis vilkas“ Klaipėdos motodesantiniame batalione buvo įkurtas Narų-plaukikų būrys, kurio pagrindą sudarė „SKAT Nautilus“ klubo kariai. Vykdant kariuomenės reorganizaciją narai buvo perkelti į 7-o Dragūnų pamario gynybos bataliono Žvalgų-narų būrį, kuris buvo pertvarkytas į Kovinių plaukikų būrį. 2000 rugpjūčio 9 d. Krašto apsaugos ministro įsakymu Kovinių plaukikų būrys perverstas į Vakarų brigados vado pavaldumą.
2001 m. kovo 8 d. Lietuvos krašto apsaugo ministro įsakymu Kovos plaukimų būrys iš Motorizuotosios pėstininkų brigados „Žemaitija“ pervestas į KJP vado pavaldumą per kovo–balandžio mėnesius ir pavadintas Povandeninių veiksmų komanda. Buvo skirtingi įsakymai dėl karių perkėlimo po 3–5 karius. Tuometinę PVK sudarė valdymo, kovinių narų, instruktorių bei aprūpinimo grupės.
2003 m. gegužės 14 d. Povandeninių veiksmų komandoje įsteigus narų išminuotojų etatus, iš priešmininių laivų įgulų į komandą buvo perkelti narai, baigę narų kursus Norvegijos Karališkojo karinio laivyno narų mokykloje.
2007 m. sausio 1 d. Specialiųjų operacijų pajėgose buvo įkurta Kovinių narų tarnyba, į kurią buvo pervesti KJP Povandeninių veiksmų komandos koviniai narai, o šios komandos narai-išminuotojai liko Karinių jūrų pajėgų pavaldume.
2017 m. birželio mėn. APĮ grupė dalyvavo Klaipėdos universiteto rengiamoje ekspedicijoje Suomijos įlankoje, kurios metu buvo surastas karo laivas „Prezidentas Smetona“. APĮ darytomis sonarinėmis nuotraukomis buvo patvirtintos korpuso forma ir laivo antstato detalės, kurios leido identifikuoti nuskendusį laivą 72 m. gylyje. 
2017 m. liepos 1 d. PVK kariai 6 mėnesiams stojo į NATO greito reagavimo pajėgas (GRP; angl. NRF – NATO response forces) budėjimą kaip Labai seklių vandenų minų paieškos grupė (LSVMPG). Dabar reguliariai, kas antrus, metus po 6 mėnesius vykdomas GRP budėjimas su LSVMPG. Grupę sudaro 7 PVK kariai: vadas, APĮ vyr. operatorius, APĮ operatorius, 2 narai išminuotojai bei 2 naro išminuotojo padėjėjai.
Nuo 2018 m. pradėta organizuoti kasmetinės varžybos, įveikiant kliūčių ruožą vandenyje, paminint PVK įkūrimo metines.
